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Text File  |  1995-03-04  |  2.5 KB  |  47 lines
  1. *****************************
  2. * Fumarate lyases signature *
  3. *****************************
  4.  
  5. A number of enzymes, belonging  to  the lyase class,  for  which fumarate is a
  6. substrate have been shown [1,2]  to  share a short conserved sequence around a
  7. methionine which is  probably involved  in the catalytic activity of this type
  8. of enzymes. These enzymes are:
  9.  
  10.  - Fumarase (EC 4.2.1.2) (fumarate hydratase), which catalyzes  the reversible
  11.    hydration of fumarate to L-malate. There seem to be 2 classes of fumarases:
  12.    class I are thermolabile dimeric enzymes  (as for example: Escherichia coli
  13.    fumC); class II enzymes  are  thermostable  and tetrameric and are found in
  14.    prokaryotes (as for example: Escherichia coli fumA and fumB) as well as  in
  15.    eukaryotes.  The  sequence  of the two classes of fumarases are not closely
  16.    related.
  17.  - Aspartate  ammonia-lyase  (EC 4.3.1.1)  (aspartase),  which  catalyzes  the
  18.    reversible conversion of  aspartate to fumarate and ammonia.  This reaction
  19.    is analogous to that catalyzed by fumarase, except that ammonia rather than
  20.    water is involved in the trans-elimination reaction.
  21.  - Arginosuccinase (EC 4.3.2.1) (argininosuccinate lyase), which catalyzes the
  22.    formation of arginine and fumarate from argininosuccinate, the last step in
  23.    the biosynthesis of arginine.
  24.  - Adenylosuccinase (EC 4.3.2.2) (adenylosuccinate lyase) [3], which catalyzes
  25.    the eight step  in  the de novo  biosynthesis  of purines, the formation of
  26.    5'-phosphoribosyl-5-amino-4-imidazolecarboxamide  and  fumarate  from 1-(5-
  27.    phosphoribosyl)-4-(N-succino-carboxamide).  That enzyme  can also catalyzes
  28.    the formation of fumarate and AMP from adenylosuccinate.
  29.  - Pseudomonas  putida  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase (EC 5.5.1.2)
  30.    (3-carboxymuconate lactonizing  enzyme) (gene pcaB) [4], an enzyme involved
  31.    in aromatic acids catabolism.
  32.  
  33. -Consensus pattern: G-S-x(2)-M-x(2)-K-x-N
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: rat immunoglobulin gamma-2B chain.
  36. -Last update: October 1993 / Text revised.
  37.  
  38. [ 1] Woods S.A., Shwartzbach S.D., Guest J.R.
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  40. [ 2] Woods S.A., Miles J.S., Guest J.R.
  41.      FEMS Microbiol. Lett. 51:181-186(1988).
  42. [ 3] Ebbole D.J., Zalkin H.
  43.      J. Biol. Chem. 262:8274-8287(1987).
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  47.